Działalność publiczna Podczas studiów, w 1887 roku został członkiem Akademickiego Stowarzyszenia Rosyjskich Żydów (niem. Russisch-jüdischer wissenschaftlicher Verein) i bardzo szybko stał się pełnoprawnym działaczem ruchu syjonistycznego. Gdy w 1896 roku Theodor Herzl opublikował swój słynny artykuł „Państwo żydowskie” (niem. Der Judenstaat), Motzkin przyłączył się do niego wspierając działania na rzecz osadnictwa żydowskiego w Palestynie. W sierpniu 1897 roku uczestniczył w Pierwszym Kongresie Syjonistycznym w Bazylei. Rok później, podczas przygotowań do Drugiego Kongresu Syjonistycznego, Herzl zlecił Motzkinowi udanie się do Palestyny w celu zbadania problemów społeczności żydowskiej. Przygotowany raport o aktualnej sytuacji i perspektywach kolonizacji żydowskiej został przedstawiony na kongresie. Motzkin sprzyjał współpracy z Imperium osmańskim dla żydowskich interesów w Ziemi Izraela, w czym różnił się od członków organizacji Chowewej Syjon i filantropa barona Edmunda James de Rotszylda. Na Piątym Kongresie Syjonistycznym w 1901 roku Motzkin reprezentował poglądy tzw. „demokratycznej frakcji”. Wzywał do demokratyzacji ruchu syjonistycznego.