Zamknięto też w 1845 roku klasztor karmelitów, w którym umieszczono do 1970 roku szpital, a potem fabrykę galanterii.
Dzięki staraniom polskiego biskupa Aleksandra Kazimierza Bereśniewicza Rosjanie zwrócili kościół wiernym i do 1898 roku ustawiono nowe neoklasycystyczne organy, ambonę, chór i sfinansowano zakup trzech dzwonów. Obrazy i freski namalował Jan Kerle z Tyrolu.
W bocznych nawach znajdują się ołtarze Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana od krzyża z obrazami autorstwa Michała Andriollego. W bocznych kaplicach znajdują się obrazy Matki Bożej z Góry Karmel z końca XVII wieku czczony przez bractwo św. Szkaplerza i obraz św. Józefa.
W roku 1956 namalowano na zewnętrznych ścianach kompozycję „Ukrzyżowanie” oraz „Najświętsza Maryja i św. Jan”.
Przed kościołem znajduje się żeliwna neogotycka kapliczka z napisami w języku polskim.
thumb|240px|Kościół karmelitów
Przypisy
Linki zewnętrzne Kościół Karmelitów – świętego Krzyża w Kownie Karmelici Bosi. Krakowska Prowincja Zakonu Karmelitów Bosych
Kowno Karmelitów Kowno Karmelitów Kowno Karmelitów