W sezonie 2016/2017 wywalczył mistrzostwo Turcji, a następnie wrócił do Beşiktaşu, w którym grał do lata 2019.
Latem 2019 Mustafa Pektemek przeszedł do klubu Kasımpaşa SK, a swój debiut w nim zaliczył 18 sierpnia 2019 w zremisowanym 1:1 domowym spotkaniu z Trabzonsporem. W Kasımpaşa grał przez pół roku.
Na początku 2020 Mustafa Pektemek został zawodnikiem Alanyasporu, w którym swój debiut zanotował 8 lutego 2020 w zremisowanym 1:1 wyjazdowym meczu z Fenerbahçe. W Alanyasporze grał do końca sezonu 2020/2021.
Latem 2021 Mustafa Pektemek został piłkarzem Kayserisporu. Zadebiutował w nim 14 sierpnia 2021 w przegranym 0:3 wyjazdowym spotkaniu z Altayem.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2006/07 Sakaryaspor Süper Lig 4 0 2006/07 Sarıyer GK 1. Lig 15 4 2007/08 Sakaryaspor 1.