Rozwój ANT napotykał na opór tradycyjnego środowiska uniwersyteckiego. W Polskiej Akademii Umiejętności rozważano inkorporację ANT, mimo że nauki techniczne nie były tam reprezentowane. Uważano za wystarczające istnienie Wydziału V Nauk Technicznych w Towarzystwie Naukowym Warszawskim. Członkowie ANT weszli jednak w skład Komitetu Porozumiewawczego Towarzystw Akademickich (1931) i Rady Nauk Ścisłych i Stosowanych (1936). W roku 1937 podjęto prace legislacyjne, zmierzające do zwiększenia rangi ANT poprzez nadanie jej charakteru instytucji państwowej. Dnia 25 maja 1939 roku – krótko przed wybuchem II wojny światowej – została uchwalona ustawa o utworzeniu Polskiej Akademii Nauk Technicznych (PANT), będącej „zespołem osób pracujących twórczo”, której zadaniem miało być „pielęgnowanie, popieranie i szerzenie nauk technicznych i ich nauk podstawowych”. Wybór władz PANT miał zatwierdzać Prezydent RP. Ustawa weszła w życie 1 czerwca 1939 roku. W skład PANT weszli członkowie ANT”.
W czasie okupacji niemieckiej w Polsce działalność Akademii była wstrzymana. Utraciła 35. członków i cały majątek.