W sierpniu 2013 został oskarżony przez byłego zawodnika St. Louis Cardinals Jacka Clarka o zażywanie niedozwolonych środków dopingujących. Pujols temu zaprzeczył i w efekcie w październiku 2013 pozwał Clarka do sądu o zniesławienie. W odpowiedzi na pozew Pujolsa, Clark zaproponował badanie wykrywaczem kłamstw. Ostatecznie w lutym 2014 Clark wycofał wszystkie oskarżenia i przeprosił Pujolsa w specjalnym oświadczeniu na łamach gazety codziennej St. Louis Post-Dispatch, w efekcie Pujols wycofał pozew.
22 kwietnia 2014 w meczu międzyligowym z Washington Nationals na Nationals Park zdobył 500. home runa w MLB i został 26. zawodnikiem w historii ligi, który tego dokonał. 25 czerwca 2016 w meczu przeciwko Oakland Athletics rozegranym na Angel Stadium, zdobył 574. home runa w karierze i wyprzedził jedenastego w klasyfikacji wszech czasów pod tym względem Harmona Killebrew. 3 czerwca 2017 w spotkaniu z Minnesota Twins został dziewiątym zawodnikiem w historii MLB, który osiągnął pułap 600 home runów. 4 maja 2018 w meczu ze Seattle Mariners zdobył 3000. odbicie w MLB i został 32. baseballistą w historii ligi, który tego dokonał.
Los Angeles Dodgers 17 maja 2021 podpisał roczny kontrakt z Los Angeles Dodgers.