W 1839 roku urodził mu się syn Icchak. Otrzymał on tradycyjne religijne wychowanie żydowskie. Jego ojciec stopniowo wprowadzał go w nauki żydowskich myślicieli, a inni nauczyciele bardzo szybko dostrzegli w nim wyjątkowy talent i zrozumienie. Studiował na słynnej jesziwie w Wołożynie, a następnie w Ejszyszkach. Zdobył szeroką wiedzę w Talmudzie i Torze, oraz został wyświęcony na rabina. W wieku 18. lat poślubił córkę rabina Josefa Razena.
Praca publiczna Od 1867 roku Icchak Reines został wybrany na rabina w mieście Święciany na Litwie. Do nowych obowiązków podszedł bardzo poważnie, a zebrane doświadczenia opublikował w 1869 roku w książce „Świadectwo Jakuba” (Edut be-Jaakob). W tym samym roku został wybrany na rabina w mieście Lida. Rabin Reines opracował racjonalne podejścia do nauki Talmudu, które w 1880 roku przedstawił w książce „Chotem Tochnit”. Był to nowy plan dotyczący unowocześnionej metody logicznego studiowania Talmudu przy pomocy praw matematycznych. Książka ta spotkała się z burzliwym odzewem. Wielu rabinów i uczonych wysłało do Reinesa listy z uznaniem i podziękowaniami, jednak spotkały go także negatywne opinie. Liczne kręgi ortodoksyjne obawiały się wprowadzania jakiejkolwiek nowoczesnej metody studiów, uznając nową metodę za niedopuszczalną dla studentów Talmudu.