W 1629 brał udział w obradach sejmu, broniąc praw prawosławnych do posiadania w Wilnie murowanej cerkwi (spór o prawo do świątyni toczył w tym samym czasie z wileńskim biskupem rzymskokatolickim Eustachym Wołłowiczem). Podpisał także projekt konstytucji wnioskującej o zwołanie wspólnego unicko-prawosławnego soboru w październiku tego samego roku – do soboru tego nie doszło z powodu sprzeciwu papieża. W tym samym roku w Kijowie miał miejsce synod Kościoła prawosławnego w Rzeczypospolitej, na którym Józef Bobrykowicz odegrał istotną rolę. Był jednym z autorów dokumentu zestawiającego różnice między prawosławnymi i unitami razem z propozycjami sposobów ich zlikwidowania. Razem z archimandrytą ławry Peczerskiej Piotrem Mohyłą opowiadał się za przyznaniem duchowieństwu prawosławnemu (a nie szlachcie tego wyznania) decydującego głosu w sprawach Cerkwi.
W 1632 Józef Bobrykowicz brał udział w sejmie konwokacyjnym, który wskazał jako kandydata na króla królewicza Władysława. W tym samym czasie najprawdopodobniej spisał Synopsis – spis przywilejów i praw nadanych ludności prawosławnej przez kolejnych królów polskich i wielkich książąt litewskich.