Nazwa miasta Geneza nazwy miejscowości nie doczekała się dostatecznego wyjaśnienia. W dokumencie lokacyjnym występuje nazwa Schiffenburg, co wskazywałoby na obecność zamku („Burg” oznacza w języku niemieckim zamek, warownię). Badania archeologiczne oraz dokumenty historyczne nie potwierdziły jednak obecności zamku w Sępopolu. „Schiff” oznacza po niemiecku okręt, statek. Zatem pierwotną nazwę Sępopola można byłoby tłumaczyć jako „warownia okrętowa”. Element związany ze statkiem występuje także w najstarszej pieczęci Sępopola, pochodzącej z XV stulecia, gdzie widnieje pływające na okręcie miasto. Sępopol dawniej otoczony był wodami, z trzech stron bowiem otaczała miejscowość rzeka Łyna i Guber, a z czwartej – kanał przekopany między rzekami. Być może ma to jakiś związek z warowną osadą Prusów i żeglugą.
Inna hipotezą dotycząca źródeł nazwy Sępopola jest nazwisko rycerza krzyżackiego, Ludwika von Schippen, który piastował funkcję pruskiego mistrza krajowego w roku 1299. Między brzmieniem Schippenburg a Schiffenburg istnieje tylko różnica w wymowie, pierwsze słowo jest w dialekcie dolnoniemieckim (plattdeutsch), drugie natomiast w górnoniemieckim (hochdeutsch). Powstanie miasta już w 1299 jest jednak mało prawdopodobne (zbyt wcześnie).