Budowa fortu jeszcze trwała kilka lat, ale nigdy nie został całkowicie zakończony. Do 1888 roku wojskowa przydatność Fortu Jefferson przygasła, a koszt utrzymania ze względu na skutki częstych huraganów i zniszczenia wynikające z tropikalnego klimatu, stał się zbyt wysoki. W 1874 roku armia całkowicie opuściła fort po serii kilku huraganów i epidemii żółtej gorączki. W 1898 roku marynarka jeszcze korzystała z obiektów w czasie wojny amerykańsko-hiszpańskiej. Fort był również używany w latach 1888-1900 jako stacja kwarantanny oraz ponownie krótko podczas I wojny światowej.
Założenie Parku Narodowego W 1908 roku obszar został wyznaczony jako rezerwat ptaków i przeniesiony do Departamentu Rolnictwa. 4 stycznia 1935 roku prezydent Franklin Delano Roosevelt, który odwiedził teren Dry Tortugas statkiem, wyznaczył obszar jako Fort Jefferson National Monument. Był to pierwszy w historii USA teren morski objęty taką ochroną. Wpis do Krajowego Rejestru miejsc o znaczeniu historycznym fort uzyskał w dniu 10 listopada 1970 roku. W dniu 26 października 1992 roku prezydent George Bush powołał do życia Park Narodowy Dry TortugasNational Geographic Adventure Mag.: Excerpts-Nov./Dec. 2001.