Dzięki protekcji Aleksandra Golicyna w 1819 wszedł w skład głównego zarządu szkół przy ministerstwie spraw duchownych i oświecenia narodowego.
Magnicki był zdecydowanym krytykiem idei oświeceniowych i wdrażania zachodnioeuropejskiego modelu kształcenia w Rosji. W 1819 przeprowadził reformę wewnętrzną Uniwersytetu Kazańskiego, w czasie której wprowadził na uczelni nowy regulamin wewnętrzny oparty na regule mniszej, usunął z biblioteki dzieła filozofów oświeceniowych, zastępując je egzemplarzami Biblii. Wśród studentów wprowadził surową dyscyplinę opartą na uczestnictwie w obowiązkowych nabożeństwach prawosławnych, wspierał donosicielstwo i wzajemne szpiegowanie się słuchaczy. Do 1826 Magnicki nadzorował cały kazański okręg szkolny i wdrażał w miejscowym szkolnictwie analogiczne reformy w skrajnie konserwatywnym duchu. Równocześnie zainicjował remont obiektów Uniwersytetu Kazańskiego, kierował uczonych na stypendia zagraniczne, opracowywał plan utworzenia instytutu języków wschodnich.