Stworzył system, w ramach którego Żydom wydawano „karty chroniące” dające im ochronę różnych państw neutralnych, a także tworzono dla nich bezpieczne domy w budynkach o statusie eksterytorialnym.
Kiedy Sanz Briz został przeniesiony z Węgier do Szwajcarii w listopadzie 1944 roku zaprosił Perlaskę, by wraz z nim przeniósł się do bezpiecznego kraju, ten jednak zdecydował się pozostać. Rząd Węgier nakazał opróżnienie budynku ambasady Hiszpanii oraz eksterytorialnych domów, w których schronili się Żydzi. Perlasca natychmiast wydał fałszywe oświadczenie, że Sanz Briz powróci wkrótce, a on sam został mianowany jego zastępcą.
Przez całą zimę Perlasca aktywnie ukrywał, chronił i karmił tysiące Żydów w Budapeszcie. Wydawał też im przepustki na przejazd na podstawie hiszpańskiej ustawy z 1924 roku, która dawała Żydom pochodzenia sefardyjskiego prawo do obywatelstwa. W grudniu 1944 roku Perlasca ocalił dwóch chłopców od załadunku do pociągu odważnie przeciwstawiając się obecnemu tam podpułkownikowi niemieckiemu. Raoul Wallenberg, który też tam był wówczas, powiedział później Perlasce, że był to sam Adolf Eichmann.