gwardiana Mateusza Studzińskiego odbudowany, ale w 1601 roku obie te budowle znowu uległy pożarowi.
Kolejny drewniany kościół franciszkanów został wzniesiony w 1615 roku staraniem gwardiana o. Bartłomieja Klucziaty vel Klimczaty, a konsekrował go 4 października 1618 roku biskup tytularny Argivensis i sufragan łucki ks. Stanisław Udrzycki (zm. 1621). W tym okresie zbudowano nowy budynek klasztorny.
W roku 1657 w czasie Potopu szwedzkiego po niedzieli Misericordiae klasztor został ponownie zniszczony, a kilku zakonników zamordowanych przez wojska kozackie, siedmiogrodzkie i szwedzkie dowodzone przez Magnusa Gabriela de La Gardie. Ojciec Karol Gaudenty Żero, napisał, że miejsce „to tak leżało pusto. A tak z powodu, że było poświętne, nikt się na nim nie budował, ani one imał zarabiać”.
Kościół murowany (1682–1715) Około 1682 roku gwardian o. Antoni Gałecki rozpoczął budowę murowanego barokowego kościoła pw. Wniebowzięcia NMP, która zakończona została ok. 1715 roku z funduszy okolicznej szlachty podlaskiej. Konsekracja świątyni odbyła się w 1733 r. W 1734 roku dobudowano od południa pomieszczenie skarbczyka na archiwum ksiąg ziemskich i grodzkich.