W 1998 roku Paulo Alves przeszedł do Bastii. Rok później wrócił do portugalskiej ligi i podpisał kontrakt z União Leiria. W nim zadebiutował 3 października 1999 w zwycięskim 3:0 domowym meczu z Bragą. W 2001 roku odszedł z União do Gil Vicente. W 2005 roku zakończył w nim swoją karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1988/89 Gil Vicente FC Segunda Liga 17 7 1989/90 Gil Vicente FC Segunda Liga 27 7 1990/91 Gil Vicente FC Primeira Liga 24 3 1991/92 FC Tirsense Segunda Liga 33 8 1992/93 CS Marítimo Primeira Liga 23 4 1993/94 SC Braga Primeira Liga 4 0 1993/94 CS Marítimo Primeira Liga 17 3 1994/95 CS Marítimo Primeira Liga 33 14 1995/96 Sporting CP Primeira Liga 32 10 1996/97 Sporting CP Primeira Liga 20 6 1997/98 Sporting CP Primeira Liga 16 6 1997/98 West Ham United Premier League 4 0 1998/99 SC Bastia Ligue 1 19 3 1999/00 União Leiria Primeira Liga 19 2 2000/01 União Leiria Primeira Liga 27 6 2001/02 Gil Vicente FC Primeira Liga 27 11 2002/03 Gil Vicente FC Primeira Liga 30 11 2003/04 Gil Vicente FC Primeira Liga 22 3 2004/05 Gil Vicente FC Primeira Liga 8 1