Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Portugalii Paulo Alves zadebiutował 9 października 1994 roku w wygranym 3:1 meczu eliminacji do Euro 96 z Łotwą, rozegranym w Rydze. W 1996 roku zagrał na Igrzyskach Olimpijskich w Atlancie, na których zajął z Portugalią 4. miejsce. Od 1994 do 1996 roku rozegrał w kadrze narodowej 13 meczów i strzelił w nich 7 goli, w tym 5 w dwóch meczach z Liechtensteinem w eliminacjach do Euro 96.
W swojej karierze Paulo Alves grał także w reprezentacjach młodzieżowych. W 1989 roku wywalczył z kadrą U-20 mistrzostwo świata.
Mecze i gole w reprezentacji # Data Stadion Rywal Wynik Gol Rozgrywki 1994 1. 09.10.1994 Ryga, Łotwa 3:1 0 el. ME 1996 2. 18.12.1994 Lizbona, Portugalia 8:0 2 el. ME 1996 1995 3. 26.01.1995 Toronto, Kanada 1:1 0 Skydome Cup 1995 4. 29.01.1995 Toronto, Kanada 1:0 1 Skydome Cup 1995 5. 22.02.1995 Eindhoven, Holandia 1:0 0 towarzyski 6. 15.08.1995 Eschen, Liechtenstein 7:0 3 el. ME 1996 7. 03.09.1995 Porto, Portugalia 1:1 0 el. ME 1996 8. 12.12.1995 Londyn, Anglia 1:1 1 towarzyski 1996 9. 24.01.1996 Paryż, Francja 2:3 0 towarzyski 10. 21.02.1996 Porto, Portugalia 1:2 0 towarzyski 11. 27.03.1996 Lizbona, Portugalia 1:0 0 towarzyski 12. 31.08.1996 Erywań, Armenia 0:0 0 el. MŚ 1998 13. 05.10.1996 Kijów, Ukraina 1:2 0 el.