Od początku rozrywek w niezależnej Ukrainie klub występował w Wyższej Lidze. Tylko w sezonach 2004/05 i 2005/06 zespół występował w Pierwszej Lidze. W styczniu 2001 roku klub został przekształcony w Sp.z o.o. Klub Profesjonalnego Futbolu Karpaty. Od sezonu 2006/07 klub ponownie występował w Wyższej Lidze, która w 2008 zmieniła nazwę na Premier-liha.
27 maja 2020 roku właścicielem udziałów Petra Dymińskiego w Karpatach został Ołeh Smalijczuk.
Pod koniec czerwca 2020 pojawiła się informacja, że Karpaty z powodu braku dofinansowania nie skończą sezonu 2019/20 i opuszczą Ukraińską Premier-lihę (UPL). Na początku lipca klub dwa razy z rzędu odmówił wyjazdu do Mariupola na przełożony i kalendarzowy mecze mistrzostw (odpowiednio 1 i 4 lipca), co zgodnie z regulaminem rozgrywek prowadziło do wykluczenia drużyny z rozgrywek. 9 lipca decyzją Komisji Dyscyplinarno-Kontrolnej UAF klub ze Lwowa został oficjalnie wykluczony z rozgrywek UPL.