Komory gazowe uległy uszkodzeniu, transporty z ofiarami oczekiwały tygodniami na bocznicy kolejowej na śmierć, a wokół obozu roznosił się straszliwy odór rozkładających się ciał. Stangl miał spowodować utajnienie procesu eksterminacji i zwiększenie jego wydajności. W tym celu przy obozowej rampie w Treblince zlecił budowę drewnianej atrapy dworca, by przyszłe ofiary nie domyślały się, co je czeka. Wybudował także nowe komory gazowe, które mogły pomieścić do 3 tysięcy ludzi. Usprawnił całą organizację obozu, dzięki czemu proces eksterminacji mógł przebiegać bez zakłóceń. Stangl nie traktował przyszłych ofiar jako ludzi, lecz jako „towar”, który należy zlikwidować.
Po wojnie udało mu się ukryć swoją tożsamość i nierozpoznany uciekł z austriackiego więzienia w 1947. Następnie Stangl, wraz z innym zbrodniarzem Gustavem Wagnerem (zastępcą komendanta Sobiboru), uciekł do Włoch. Stamtąd, z pomocą niektórych urzędników Watykanu, m.in. biskupa Aloisa HudalaOliver Schröm, Andrea Röpke, Cicha Pomoc dla nazistów. Tajna działalność byłych SS-manów i neonazistów Replika Zakrzewo 2015, s. 79.Gitta Sereny, Into That Darkness, Vintage 1974, s. 305.Daniel J. Goldhagen, Niedokończony rozrachunek, Wydawnictwo Sic!