Za działania w czasie II wojny światowej 44 absolwentów otrzymało tytuły Bohatera ZSRR.
W 1998 r., postanowieniem Rządu Federacji Rosyjskiej, Wojskową Akademie Inżynieryjną przemianowano w Uniwersytet Wojskowo-Inżynieryjny z trzema filiami: w Petersburgu, w Niżnym Nowogrodzie i w Tiumeni. W 2004 r. Uniwersytet Wojskowo-Inżynieryjny przeobrażono w Akademię Wojsk Inżynieryjnych w Moskwie, jednak bez imienia W. Kujbyszewa. Na bazie istniejących filii utworzono wojskowe szkoły wyższe; w Petersburgu – wojskowo-topograficzną, w Niżnym Nowogrodzie – inżynieryjną dowódczo- sztabową, w Tiumeni – inżynieryjną dowódczo-sztabową.
9 maja 2006 r. wykładowcy i słuchacze ostatni raz uczestniczyli w corocznej defiladzie zwycięstwa na placu Czerwonym w Moskwie. 1 sierpnia 2006 r. WAI została włączona do Ogólnowojskowej Akademii Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej. Od 2009 r. jako Wojskowe Naukowe Centrum Szkolenia Instytutu Wojskowego Sił Zbrojnych FR w składzie Ogólnowojskowej Akademii Sił Zbrojnych FR. Obecnie Wojskowy Instytut (wojsk inżynieryjnych) Ogólnowojskowej Akademii Sił Zbrojnych FR. Szef Instytutu jest zastępca komendanta akademii. Instytut, jako jednostka podległa nie posiada sztandaru, ani odznaczeń.