Po dłuższych dyskusjach: odrzucono i wyklęto ze społeczności protestanckiej braci polskich; każde wyznanie zachowało własną dogmatykę, a tylko poświadczono sobie formalnie prawowierność; w nauce o Eucharystii, przy powołaniu się na Ojców Kościoła, przyjęto za prawowiernymi luteranami, że „Ciało i Krew Pana naszego istotnie jest udzielane pod postacią chleba i wina”; każde z wyznań zachowało własną obrzędowość.
Odtąd miano wspólnie pracować nad rozwojem wszystkich zborów w całym kraju i wzajemnie sobie pomagać i zapraszać się na synody. W historii reformacji protestanckiej w Polsce zgoda sandomierska usiłowała po raz pierwszy wprowadzić idee protestanckiego uniwersalizmu i przygotowała grunt dla konfederacji warszawskiej.
Organizacja i życie religijne Kościołów reformacyjnych W Polsce król był katolikiem, stąd cały ciężar stworzenia nowej, protestanckiej organizacji kościelnej spoczął na szlachcie, która odcisnęła na nim swoje piętno. Szlachta, a zwłaszcza możnowładcy, decydowali o najważniejszych sprawach gminy, określali przynależność wyznaniową członków, instytuowali i deponowali kaznodziejów. Podrzędniejszą rolę obok szlachty odgrywali kaznodzieje. W Wielkopolsce opiekunem gmin luterańskich był Stanisław Ostroróg, a na czoło superintendentów wysunął się tu Erazm Gliczner.