Braćmi czeskimi opiekował się Jakub Ostroróg i Rafał Leszczyński, a pierwszym superintendentem był tu Jerzy Izrael. Na Litwie protektorem kalwinów był książę Radziwiłł Czarny, a głównym superintendentem został Szymon Zaciusz.
Szlachta a synody Terytorialną organizację przeprowadzały synody, a kaznodziejów mieli wybierać członkowie poszczególnych gmin – w praktyce głos decydujący posiadała szlachta. W Małopolsce na czele zorganizowanych gmin protestanckich stanął Feliks Krzyżak, wybrany superintendentem przez kaznodziejów i szlachtę. Synody wydawały przepisy odnośnie do wizytacji kościołów, zaopatrzenia i postępowania pastorów, ich zależności od patronów. Synod w Pińczowie z 1556 r., biorąc pod uwagę pobożność i mądrość szlachty (praecipua membra Ecclesiae), nakazał wybierać tak seniorów, jak i pastorów w obecności szlachty. Szlachta też miała doglądać osobistej prawowierności i postępowania seniorów. W 1559 r. na synodzie w Wodzisławiu postanowiono, że w każdym z 9 małopolskich okręgów będzie odtąd dwóch seniorów świeckich ze szlachty i jeden duchowny. Z biegiem czasu prawa synodów do wyboru seniorów zostały ograniczone przez stawianie kandydatur ze strony szlachty. W podobną zależność od szlachty popadły zbory wielkopolskie i litewskie.