Praca w Szczecinie We wrześniu 1948 podjął pracę na stanowisku profesora nadzwyczajnego w nowo powstałej Akademii Lekarskiej w Szczecinie (później Pomorska Akademia Medyczna); był kierownikiem Katedry Anatomii Patologicznej, a dodatkowo Zakładu Medycyny Sądowej PAM (1948–1951). Zorganizował Zakład Anatomii Patologicznej, jednostkę naukowo-dydaktyczną pełniącą również funkcje usługowe. W Zakładzie prowadził kompleksowe badania w zakresie patomorfologii i patogenezy w stawach i układzie sercowo-naczyniowym przy chorobie reumatycznej i reumatoidalnej. Stworzył w zakładzie znaną w świecie szkołę naukową, do której należeli m.in. prof. Stanisław Woyke, prof. Aleksandra Krygier-Stojałowska, prof. Władysław Parafiniuk, prof. K. DominiczakTadeusz Brzeziński: Kazimierz Stojałowski; Sławny patomorfolog. W: „Szczecinianie stulecia”. Wyd. Piątek Trzynastego, Łódź 2000, s. 116. ISBN 83-87735-63-9. W 1957 otrzymał tytuł profesora zwyczajnegoDziesięciolecie Pomorskiej Akademii Medycznej 1948-1958. PZWL Warszawa 1958, s.73 (dostęp 25.01.2026).
Profesor Kazimierz Stojałowski wypromował 14 doktorów i był opiekunem 4 doktorów habilitowanych. Pełnił funkcję prorektora PAM do spraw klinicznych (1964–1966) i do spraw naukowych (1966–1972).