W 1894, już pod nadzorem von Iheringa, przeniesiono je do obecnego budynku, położonego w dzielnicy Ipiranga. Nowa siedziba Museu Paulista, okazały budynek w stylu eklektycznym, zbudowany według projektu włoskiego architekta Tommaso Gaudenzio Bezziego, był pierwotnie przeznaczony do innych celów. Początkowy był pomyślany jako pomnik niepodległości. Jego projekt był promowany już od obchodów niepodległości 7 września 1824, ale przez długi czas nie udawało się zebrać funduszy potrzebnych do jego realizacji. Dopiero w 1885 cesarz Pedro II zatwierdził projekt Bezziego, który zaczęto realizować w 1890. Obszerny pałac z ogrodem, inspirowany francuskim Wersalem, stał przez długi czas pusty, m.in. ze względu na rozbieżności co do jego wykorzystania. Według jednych miał to być pałac i pomnik, według innych – budynek, który obok funkcji symbolicznej, miał służyć celom praktycznym, edukacyjnym i kulturalnym.