Muzeum zostało otwarte 7 września 1895 jako muzeum historii naturalnej, ze szczególnym uwzględnieniem niepodległości i historii Brazylii i stanu São Paulo
Celem tych zbiorów jest dać dobre i pouczające pojęcie o bogatej i ciekawej przyrodzie Ameryki Południowej, szczególnie Brazylii, jak również o człowieku Ameryki Południowej i o jego historii. powiedział niemiecki przyrodnik i naukowiec Hermann von Ihering (1850–1930) z okazji otwarcia Museu Paulista. Lekarz z wykształcenia, członek Berlińskiego Towarzystwa Etnologicznego, przybył w 1880 do Brazylii otrzymując posadę pracownika naukowego Muzeum Narodowego w Rio de Janeiro. thumb|left|Budynek muzeum pod koniec XIX w Museu Paulista pod jego kierownictwem w latach 1895–1916 miało ambicję bycia południowoamerykańskim muzeum specjalizującym się w dziedzinie nauk przyrodniczych, na wzór podobnych instytucji europejskich, gromadząc eksponaty z różnych regionów kontynentu amerykańskiego. Zdaniem von Iheringa placówka miała wypełnić lukę w dziedzinie badań naukowych w kraju, w którym nie było jeszcze żadnej wyższej uczelni. Uzupełnieniem tych działań był periodyk "Revista Museu Paulista" ("Przegląd Museu Paulista") również powołany do życia w 1895. Inauguracyjne wydanie zawierało wiele artykułów na temat historii Brazylii, archeologii, botaniki, zoologii i paleontologii.