Wcześniej, w 1963, muzeum, które dotychczas miało status bezpłatnego instytutu Uniwersytetu São Paulo, stało się jego częścią.
Poszczególne zbiory Museu Paulista stopniowo zostały włączone do innych instytucji, takich jak Instituto Biologico (Instytut Biologii), Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (Muzeum Zoologii Uniwersytetu São Paulo), Pinacoteca do Estado de São Paulo [Galeria Stanu São Paulo) i Muzeum Archeologii i Etnologii Uniwersytetu São Paulo. Pod dyrekcją historyka Ulpiano Toledo Bezerra de Menezes (1989–1994) kolekcja muzeum nabrała wyłącznie historycznego charakteru, a jej część została umieszczona w Muzeum Republikańskim "Convenção de ITU". Muzeum, zgodnie ze swym edukacyjnym powołaniem, stworzyło bliskie więzi ze szkołami podstawowymi i średnimi.
Zbiory thumb|300px|Pedro Américo, Independência ou Morte (O Grito do Ipiranga), olej na płótnie, 415×760 cm Historyczna kolekcja liczy ponad 125 000 eksponatów, w skład których wchodzą przedmioty, ikonografia i dokumentacja archiwalna obejmująca okres od XVII do poł. XX w. Do zbiorów oryginalnych zostały z czasem dodane zbiory prywatne, w tym kolekcja fotografii Militão Augusto de Azevedo, kolekcje Tomasso Bezziego oraz lotnika i wynalazcy Alberto Santos-Dumonta.