Wydawnictwo zaczęło stopniowo specjalizować się w botanice i zoologii, zgodnie z zainteresowaniami dyrektora muzeum.
Pod zarządem historyka Afonso d'Escragnolle Taunay (1876–1958), który przejął kierownictwo muzeum w 1916, usunięto dział botaniki (1927) i zoologii (1939). Jako historyk zainteresowany tematem kolonizacji i ruchem bandeirantes w São Paulo, Taunay utworzył działy historii i etnografii, a w 1922 rozpoczął wydawanie periodyku "Anais do Museu Paulista", poświęconego historii Brazylii. W 1946 administrację muzeum przejął historyk Sérgio Buarque de Holanda. Rozbudował on działy historii i etnologii, korzystając w przypadku tej ostatniej z zatrudnienia niemieckiego etnologa Herberta Baldusa oraz Haralda Schultza z Rio Grande do Sul. Oprócz reorganizacji zbiorów etnologicznych Sérgio Buarque wznowił publikację magazynu, której zaprzestano w 1938. Nowa seria ukazała się w 1947 prezentując nowy profil – z priorytetem dla tekstów z dziedziny antropologii, a przede wszystkim z rodzimej etnologii. Z odejściem Sérgio Buarque w 1958 administrację Museu Paulista przejął Mário Neme, pozostając na tym stanowisku do 1973.