W 1902 roku podczas konferencji syjonistycznej w Mińsku wygłosił historyczne przemówienie, które wywarło ogromny wpływ na dalszy rozwój ruchu syjonistycznego. Wezwał żydowską młodzież do przyłączenia się do pionierskiej pracy kolonizacyjnej w Ziemi Izraela.
Gdy w 1903 roku doszło do pogromu w Kiszyniowie, Usyszkin odwiedził ten rejon i był głęboko wstrząśnięty tym, co zobaczył. Zrozumiał powagę zagrożenia za strony antysemityzmu. Od tej pory coraz bardziej gorliwie nalegał na rozwój alii do Palestyny, gdzie miał rozwijać się zarodek przyszłego państwa żydowskiego. Od lipca do września 1903 roku po raz drugi przebywał w Palestynie. W tym samym roku, podczas Szóstego Kongresu Syjonistycznego, doszło do poważnego wewnętrznego kryzysu w ruchu syjonistycznym. Herzl przedstawił wówczas brytyjską propozycję osiedlenia żydowskich kolonizatorów w Ugandzie. Z punktu widzenia kwestii żydowskiej sytuacja wymagała poszukiwania pilnego rozwiązania, gdyż w carskiej Rosji nasilały się pogromy i należało znaleźć miejsce ucieczki dla tysięcy rosyjskich Żydów. Herzl podkreślał przy tym, że plan ugandyjski ma charakter tymczasowego rozwiązania, a końcowym celem syjonizmu nadal pozostaje Palestyna. Usyszkin zdecydowanie przeciwstawił się planowi ugandyjskiemu, stając się jednym z przywódców opozycji do Herzla.