Pierwsza część ich planu zakładała wybudowanie audytorium Iris & B. Gerald Cantor Auditorium na 460 miejsc siedzących. Audytorium zostało oddane do użytku 9 kwietnia 1991 r., a podczas otwarcia uhonorowano Iris i Geralda Cantorów, których donacja w wysokości 3,5 miliona dolarów umożliwiła wybudowanie audytorium. Służy ono obecnie jako miejsce do organizowania spektakli, wykładów, projekcji filmowych itp.
30 listopada 1993 r., po zakończeniu kolejnej fazy realizacji projektu, otwarto odnowione, trzypiętrowe skrzydło zwane Morris A. and Meyer Schapiro Wing, mieszczące galerie. Zmodernizowano również galerie w zachodnim skrzydle gmachu – najstarszej części XIX-wiecznego, zabytkowego budynku, zaprojektowanego przez McKim, Mead and White. Na jego trzecim piętrze znajduje się światowej sławy kolekcja sztuki egipskiej, a na czwartym i piątym – wystawy specjalne. W latach 90. podjęto modernizację majestatycznego wewnętrznego dziedzińca Beaux-Arts Court, a zwłaszcza przekrywającego go dachu z ogromnym świetlikiem. Gruntowna przebudowa została zakończona w roku 2001. Dwupiętrowe wnętrze zostało całkowicie odnowione i dostosowane do organizacji różnego rodzaju imprez publicznych. Również dach został pieczołowicie odrestaurowany i przywrócony do pierwotnego stanu. Renowacji poddano także muzealne biblioteki i archiwa.