Otwarto je ponownie dla publiczności 20 października 2004 r. Biblioteki zostały całkowicie odnowione i wyposażone w nowe, klimatyzowane magazyny, zmodernizowano też czytelnie.
Przebudowa galerii (2001–2011) W pierwszej dekadzie XXI w. kierownictwo Brooklyn Museum poświęciło uwagę przeprojektowaniu galerii i urządzeniu na nowo ekspozycji głównych kolekcji, aby były bardziej dostępne dla zwiedzających. Najpierw (2001) zmieniono ekspozycję sztuki sztuki afrykańskiej. W celu pełniejszej prezentacji uzupełniono ją pokazami video oraz wielkoformatowymi fotografiami przedstawiającymi afrykańskie obrzędy. Aby pełniej ukazać długą historię rozwoju sztuki na kontynencie afrykańskim, w 2011 r. wyeksponowano jej zbiory w porządku chronologicznym.
Kierując się podobnymi przesłankami w 2001 r. urządzono na nowo również kolekcję amerykańskiego malarstwa i rzeźby, uzupełnioną o dzieła hiszpańskiej sztuki kolonialnej oraz sztuki rdzennych Amerykanów.