W latach 1993–2003 dokonano reorganizacji kolekcji sztuki egipskiej, mieszczącej się w Martha A. and Robert S. Rubin Gallery na trzecim piętrze Schapiro Wing. Na otwartej w 2003 r. wystawie „Egypt Reborn: Art for Eternity”, zaprezentowano dodatkowo 600 dzieł, z których liczne zostały wystawione w nowo wyremontowanej galerii wschodniego skrzydła muzeum. Przebudowano również galerię Starożytnego Wschodu urządzając na nowo ekspozycję płaskorzeźb asyryjskich.
Nowy pawilon wejściowy z holem (2004) thumb|Nowy pawilon wejściowy im. Marthy i Roberta Rubinów (fragment) 17 kwietnia 2004 r. oddano do użytku gruntownie przebudowane wejście frontowe i nowy plac publiczny. Nowy pawilon wejściowy przywraca równowagę architektoniczną, naruszoną wraz z wyburzeniem w 1934 r. oryginalnych, monumentalnych schodów, rozwiązując przy tym kwestię dostępu do budynku. Projekt przebudowy, opiewający na 63 miliony dolarów, wykonała firma Polshek Partnership Architects.