Z racji wysoko umieszczonej gondoli kadłubowej, zapewniającej swobodny ruch śmigła, wejście do kabiny pilota odbywało się poprzez właz umieszczony we wnęce przedniego koła.
W maju 1943 roku zaakceptowano wstępny projekt Ki-98, a w zakładach w Mandżurii rozpoczęto budowę drewnianej makiety samolotu, którą ukończono pod koniec tego samego roku. Jeszcze w grudniu 1943 roku dokonano oceny gotowej makiety, która wypadła pozytywnie. Próby modelu, wykonane w tunelu aerodynamicznym należącym do Kogiken, przyniosły obiecujące wyniki dotyczące charakterystyki lotnej samolotu. W tych okolicznościach podjęto decyzje o rozpoczęciu budowy prototypu (o numerze seryjnym 9801).
15 czerwca 1944 roku amerykańskie Boeingi B-29 dokonały nalotu na stalownię w Yawata. Japońskie lotnictwo armii, na barkach którego spoczywała obrona wysp macierzystych, nie dysponowało myśliwcami, które w efektywny sposób mogły przeciwdziałać nalotom prowadzonym z wysokości rzędu 10 tys. metrów. Zdając sobie sprawę z braku odpowiedniego sprzętu do walki, już w połowie 1942 roku Wydział Techniczny rozpoczął prace nad pozyskaniem samolotów zdolnych do lotów i działania na wysokim pułapie. Opóźnienia w budowie maszyn Nakajima Ki-87 i Tachikawa Ki-94 II skłoniły specjalistów z Wydziału Technicznego do zmiany pierwotnego przeznaczenia Ki-98.