W zaistniałej sytuacji nowy samolot miał stać się ciężkim myśliwcem wysokościowym, przeznaczonym do walki z B-29. Aby sprostać nowym zadaniom, Wydział Techniczny zażądał wyposażenia samolotu w turbosprężarkę.
Nowe wymagania opóźniły prace. Zastosowanie turbosprężarki wymagało przeprojektowania gondoli kadłubowej, która – aby pomieścić całą instalację – została wydłużona do 8,28 m. Zmieniono śmigło na czterołopatowe, przestawialne o średnicy 3,6 m. Aby zmieścić je pomiędzy belkami, konstruktorzy zmuszeni byli do ich rozsunięcia, tym samym przeprojektowania całego centropłata, skrzydeł i statecznika poziomego. W odróżnieniu od wstępnego projektu, w którym opuszczenie kabiny pilota podczas lotu możliwe było jedynie poprzez właz wejściowy po wcześniejszym wypuszczeniu podwozia; owiewka była zamontowana na stałe. W sytuacji awaryjnej była to bardzo duża niedogodność dla pilota. W nowym projekcie przewidziano możliwość odrzucenia owiewki i opuszczenia kabiny w sposób tradycyjny. Nie było to jednak rozwiązanie optymalne – wyskakującemu pilotowi groziło wpadnięcie w znajdujące się za kabiną śmigło.
Nowy projekt Shisaku Kokodo Sentoki – Doświadczalny Wysokościowy Samolot Myśliwski – ukończono w październiku 1944 roku. W tym samym miesiącu ukończono budowę makiety gondoli kadłubowej.