W latach 1979–1981 profesor Jerzy Ważny pełnił funkcję Dziekana Wydziału Technologii Drewna SGGW. Był także wieloletnim członkiem Senatu SGGW oraz licznych komisji senackich i rektorskich, w tym Senackiej Komisji ds. Nauki. W 1983 rozpoczął współpracę z Instytutem Technologii Drewna w Poznaniu.
Profesor był członkiem wielu instytucji rządowych i organizacji społecznych, m.in. pełnił funkcje: przewodniczącego Komitetu Technologii PAN, przewodniczącego Międzyresortowej Komisji Ochrony Drewna i Budowli, doradcy ds. ochrony budowli w Ministerstwie Budownictwa i Materiałów Budowlanych (1960-63). Od 1998 był przewodniczącym Rady Redakcyjnej Folia Forestalia Polonica Ser B, a od 2000 honorowym członkiem Polskiego Stowarzyszenia Mykologów Budownictwa. W 2004 został członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk.
Jerzy Ważny należał do wielu międzynarodowych organizacji, m.in.