1 stycznia 2013 wejdzie w życie unowocześniona wersja systemu, w związku z wejściem w trzeci okres handlowy. Począwszy od 2013 roku system zostanie wzmocniony i rozszerzony, a obecny system krajowych limitów uprawnień na emisje zostanie zastąpiony jednym limitem uprawnień dla całej UE. Przydział bezpłatnych uprawnień będzie stopniowo zastępowany przez system aukcyjny, począwszy od sektora energetycznego. W latach 2013–2020 skutkiem wprowadzenia zmian w ETS powinno dojść do obniżenia poziomu emisji gazów cieplarnianych w UE o 21% w odniesieniu do poziomu z 2005 roku.
Krajowe cele dla obszarów nieobjętych systemem handlu emisjami W ramach tak zwanej decyzji dotyczącej wspólnego wysiłku (ang. ESD – Effort Sharing Decision) kraje członkowskie podjęły wiążące zobowiązania mające na celu redukcję emisji gazów cieplarnianych z sektorów nieobjętych EU ETS, takich jak m.in. budownictwo, rolnictwo, gospodarka odpadami i transport, które powodują emisję 60% gazów cieplarnianych w UE. Dyrektywa non-ETS przewiduje różne cele ograniczenia emisji CO2 w zależności od zamożności państw członkowskich w latach 2013-2020. Część krajów, jak np.