Victoria ucieka z 47 śmigłowcem.
Parę miesięcy później Agent odwiedza cmentarz, na który trafił Travis ze swoją świtą, pewni tego, że Diana Burnwood nie została zabita. Nie udaje się im jednak odkryć prawdy, bowiem Agent zabija ich. Ostatecznie okazuje się, że Diana przeżyła. Gracz dowiaduje się tego, gdy Agent ogląda przez lunetę Dianę i Victorię w prywatnej posiadłości Burnwood. Diana ponownie wita Agenta w ICA i dziękuje mu za współpracę.
Rozgrywka Gracz wciela się w Agenta 47 – zabójcę na zlecenie, który specjalizuje się w eliminowaniu swoich celów niepostrzeżenie. Kamera umieszczona jest za ramieniem bohatera. Rozgrywka opiera się na wykonywaniu celów podczas przechodzenia kolejnych poziomów. Nie zawsze głównym zdaniem jest eliminacja celu; czasami rozgrywka zamyka się w przejściu z miejsca A do miejsca B. Sposób wykonania zadania nie jest dyktowany przez grę. Gracz może zarówno podejść do zadania, odwracając uwagę przeciwnika bez zmiany stroju, jak i wyeliminować go po cichu, aby przejąć jego odzież i uzyskać dostęp do strzeżonego obszaru. Szeroki arsenał broni natomiast zapewnia graczowi możliwość podejścia do zadania bardziej bezpośrednio.