Ataki poprzedzające Wstępne ataki lotnicze mające unieszkodliwić japońskie lotnictwo w pobliżu Morotai rozpoczęły się w sierpniu 1944 roku. W tym czasie alianci szacowali, że siły japońskie w promieniu 640 km (400 mil) stanowią 582 samoloty. 400 spośród nich miało się znajdować w rejonie wyspy. Siły alianckie przeprowadziły ciężkie naloty na lądowiska na wyspach Halmahera, Celebes, Ambon, Seram, Buru i w innych rejonach. Amerykańskie samoloty, bazujące na lotniskowcach, atakowały również japońskie jednostki bazujące na Mindanao. Ataki zakończyły się sukcesem. 14 września oszacowano liczbę pozostałych w rejonie Morotai japońskich samolotów na 60 sztuk.
W celu zaskoczenia przeciwnika alianci nie bombardowali samej wyspy Morotai przed planowaną inwazją. Odbyto jedynie kilka lotów rozpoznawczych nad wyspą, w trakcie których była ona fotografowana. Patrol Sojuszniczego Biura Wywiadu (ang.: Allied Intelligence Bureau) wylądował na wyspie w czerwcu, jednak informacje przez niego zebrane nie zostały przekazane 6 Armii.