W latach 1966–2001 wykładał pedagogikę na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (obecnie Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego). W 1972 r., Rada Wydziału Teologicznego ATK nadała mu stopień doktora habilitowanego na podstawie rozprawy „Problem chrześcijańskiej pedagogiki egzystencjalnej” (stopień ten został potwierdzony przez Centralną Komisję Kwalifikacyjną dopiero w 1980 r.). W 1982 r., Senat Akademicki ATK podjął uchwałę aby wystąpić z wnioskiem o nadanie Januszowi Tarnowskiemu tytułu profesora nadzwyczajnego nauk humanistycznych. W 1987 r., nastąpiło zatwierdzenie tego wniosku przez Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego i ks. Janusz Tarnowski został mianowany profesorem nadzwyczajnym nauk humanistycznych. Od 1990 r., był profesorem zwyczajnym Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie.

Od 1985 r., był członkiem Komitetu Nauk Pedagogicznych PAN, a także Zarządu Polskiego Komitetu Korczakowskiego. Ks. prof. Janusz Tarnowski należał do Międzynarodowego Stowarzyszenia Studium Charakteru i Osobowości w Paryżu, był członkiem Międzynarodowego Biura Katolickiego do spraw dziecka w Genewie.