Po walkach obronnych ewakuowany do Wielkiej Brytanii, gdzie otrzymał przydział do 2 batalionu 1 Brygady Strzelców. Na moc decyzji Ministra Spraw Wewnętrznych Stanisława Mikołajczyka otrzymał polskie obywatelstwo. W Anglii kończył studia medyczne na Polskim Wydziale Lekarskim na Uniwersytecie w Edynburgu w pierwszej grupie absolwentów. Wraz z jednostką wysłany jako uzupełnienie do Armii Polskiej na Wschodzie stacjonującej w Iraku. Po dotarciu na miejsce ppor. Rutkowski otrzymał przydział na stanowisko adiutanta szefa służby zdrowia gen. bryg. Bolesława Szareckiego. W Korpusie poznał swoją przyszłą żonę Krystynę Dąbrowską, z którą pobrał się w Jerozolimie pod koniec 1943. Został przerzucony na front włoski, gdzie poza obowiązkami adiutanta pracował w 3 Sanitarnym Ośrodku Ewakuacyjnym, który był częścią szpitala wojskowego dowodzonego przez mjr Leona Kehle. Wraz ze szpitalem brał udział na I linii frontu w bitwie pod Monte Cassino oraz w walkach o Ankonę i Bolonię. W trakcie pracy w szpitalu oraz warunkach frontowych ppor. Rutkowski zgłębiał wiedzę o anestezjologii. Po zakończeniu działań wojennych otrzymał przeniesienie do 2 kompanii, 3 Dywizji Strzelców Karpackich. W listopadzie wracał do Polski generał Szarecki, a ppor.