Głównym fundatorem kościoła był Stanisław Przyjemski, a budowy wspierały wszystkie stany dawnej Rzeczypospolitej: szlachta, mieszczanie oraz lud wiejski. Ksiądz Durewicz nie dożył zakończenia budowy kościoła i zmarł 2 stycznia 1642 roku. Po jego śmierci proboszczem został ksiądz Adam Budziecki, który zaraz po objęciu parafii kontynuował budowę aż do ukończenia.
Poświęcenie świątyni udaremnił najazd szwedzki w 1655 roku. Ze względów bezpieczeństwa cudowny obraz został wywieziony na Śląsk do klasztoru cysterek w Trzebnicy. Proboszcz Budziecki zmarł 8 grudnia 1656 roku i został pochowany w kościele zdzieskim przed wielkim ołtarzem. Jego następcą został Jan Trzemiński, który zadbał o powrót cudownego obrazu i doprowadził do poświęcenia świątyni. To wielkopomne wydarzenie miało miejsce 20 października 1657 roku, kiedy biskup Wojciech Tolibowski dokonał poświęcenia murowanego, ogromnego Kościoła Pod Wezwaniem Pocieszenia Matki Bożej i Świętego Filipa Neri.
W grudniu 1716 roku świątynia została obrabowana przez Moskali. Proboszcz Stanisław Szymon Liziński naprawił zniszczenia, wyremontował ją i pokrył ściany freskami. Rozebrał też trzy ołtarze (główny i boczne: Świętego Filipa Neri i Świętego Jana z Kęt), a w ich miejsce wstawił nowe, częściowo pozłacane ołtarze murowane.