Obywatelstwo uzyskał cztery lata później, po interwencji papieża Juliusza II, a w 1508 roku władze bolońskie powierzyły mu zwalczanie trawiącej miasto epidemii.
Berengario cieszył się dużą popularnością jako nauczyciel, pomimo kłótliwego charakteru. O dużej popularności świadczą archiwa uczelniane, wskazujące na dużą liczbę studentów uczęszczających na jego zajęcia i małą u drugiego z prowadzących zajęcia z chirurgii. W okresie rządów papieża Juliusza II był wzywany do Rzymu na konsultacje medyczne, często był wzywany także na życzenie papieża Leona X, co uniemożliwiło mu normalną pracę na uczelni. Berengario często służył pomocą rodowi Medyceuszów, w zamian za co cieszył się ich patronatem i protekcją. W 1514 roku Berengario wydał ponad dwustuletnią wówczas pracę Mondino da Luzziego Anothomia Mundini noviter impressa ac per Carpum castigata. W 1517 roku Berengario był jednym z lekarzy wezwanych do opieki pooperacyjnej nad Wawrzyńcem Wspaniałym, który został ranny w bitwie. Doświadczenia z tego okresu zebrał w księdze Tractatus de fractura calvae sive cranei (1518) i zadedykował ją niedawnemu pacjentowi.