W latach 20. XVI wieku zainteresował się głównie anatomią, której poświęcił Commentaria cum amplissimis additionibus super anatomia Mundini cum textu eiusdem in pristimum &verum nitorem redacto. Księga została zadedykowana kardynałowi Giulio de’ Medici, późniejszemu papieżowi Klemensowi VII. Berengario nie tylko opisał nowe fakty w dziedzinie anatomii, ale też polemizował z autorami starożytnymi, głównie z Galenem. W Commentaria został zawarty także pierwszy opis wyrostka robaczkowego, choć nazwę tę nadał mu dopiero Vidus Vidius. Berengario opisał także budowę nerki, zaprzeczył wówczas jakoby jedną z części nerki było sito odcedzające mocz i skrytykował byłego nauczyciela Gabriele Zerbiego, który opisał obserwację takiego sita.
Praca ta zawiera także opis męskich i żeńskich narządów rozrodczych oraz procesu rozmnażania. Była to wówczas najbardziej szczegółowa praca w tym zakresie w historii medycyny. Berengario jako pierwszy zwrócił uwagę na większą pojemność miednicy kobiecej niż męskiej, obalił średniowieczne przekonanie o istnieniu podziału macicy na siedem komór, zaprzeczył poglądom Galena, jakoby pępowina zawierała dwie żyły. Berengario zawarł także opis budowy krtani, w tym dwie z obecnych tam chrząstek opisał po raz pierwszy, on także zwrócił uwagę na istnienie trzech płatów w prawym płucu i dwóch w lewym.