Wydarzenia roku 1944 rozdzieliły rodzinę Wolfków. Mieczysław trafił przez Podkowę Leśną i Grodzisk Mazowiecki do Krakowa, zaś jego żona, zięć i wnuk pozostali na terenie Politechniki do końca powstania warszawskiego, w czasie którego zniszczeniu w mieszkaniu przy ul. Koszykowej 75 uległa większość papierów uczonego. Po jego upadku zostali przesiedleni do Krakowa. Synowie Mieczysława przebywali do końca wojny w obozach na terenie Niemiec.
W 1944 roku Mieczysław Wolfke zawarł w Krakowie związek małżeński z Krystyną ChądzyńskąArchiwum Biblioteki Narodowej. Akta osobowe Krystyny Chądzyńskiej..
Po wyzwoleniu Wolfke włączył się w odbudowę polskiej nauki. Kierował w marcu 1945 Katedrą Fizyki na Politechnice Krakowskiej, wykładał przez krótki czas na Akademii Górniczej w Krakowie, zaangażował się w tworzenie Politechniki Gdańskiej i Politechniki Śląskiej w Gliwicach. Wydał w 1945 broszurę pt. Bomba atomowa. W grudniu 1945 roku wrócił do Warszawy, gdzie przystąpił do organizowania Zakładu Fizyki w nowo uruchomionej Politechnice Warszawskiej. Ze względu na to, że przedwojenny Gmach Elektrotechniki PW mieszczący Zakład Fizyki nie przetrwał wojny, przystąpiono do jego odbudowy.