Pierwsza z prób w Dolinie Chochołowskiej w październiku 1938 zakończyła się niepowodzeniem na skutek zapłonu wodoru przy napełnianiu powłoki przed startem, druga zaś zaplanowana była na wrzesień 1939 roku. Jeszcze przed wojną, w maju 1939 roku, ostrzegał na łamach pisma „Polska Zbrojna” przed bronią atomową.
W rezultacie napaści hitlerowskich Niemiec na Polskę wyposażenie jego laboratorium na Politechnice Warszawskiej zostało wywiezione przez okupanta. Wolfke trafił na Pawiak. Aresztowany 10 listopada 1939 roku wraz z synem Karolem spędził tydzień w celi numer 49 (Karol pozostał tam trzy tygodnie). Następnie kierował za zgodą okupanta Zakładem Badawczym Fizyki Technicznej PW, a następnie wykładał w polskojęzycznej dwuletniej Państwowej Wyższej Szkole Technicznej (Staatliche Höhere Technische Fachschule), uruchomionej na terenie Politechniki Warszawskiej wiosną 1942. Udostępniał podziemia Gmachu Fizyki i Elektrotechniki na potrzeby konspiracji i brał udział w tajnym nauczaniu, prowadząc tzw. kursy Jagodzińskiego na Politechnice.
W maju 1944 roku zmarła jego córka Lucyna Janina Rassalska (żona Stefana Rassalskiego).