Następnie, w latach 1974–1986, pracował w strukturach Centralnego Banku Państw Afryki Zachodniej (BCEAO), zajmując przez pierwsze cztery lata stanowisko szefa służb w agencji BCEAO w Abidżanie, a następnie urząd wicedyrektora BCEAO ds. Wybrzeża Kości Słoniowej.

Od 1986 do 1987 był dyrektorem generalnym Caisse Nationale de Prevoyance Sociale de Cote d'Ivoire (CNPS). W latach 1989–1990 pełnił funkcję dyrektora ds. informatyki w siedzibie BCEAO w Dakarze.

W lipcu 1990 wszedł po raz pierwszy w skład rządu, obejmując stanowisko ministra finansów, które zajmował do listopada. Od listopada 1990 do grudnia 1993 pełnił funkcję ministra delegowanego przy premierze Alassane'ie Ouattarze ds. gospodarki, finansów, budżetu, planowania, handlu i przemysłu.

11 grudnia 1993 objął stanowisko szefa rządu, co nastąpiło kilka dni po śmierci prezydenta Félixa Houphouët-Boigny'ego oraz rezygnacji z urzędu przez premiera Ouattarę po nieudanej rywalizacji o sukcesję po zmarłych szefie państwa. W konsekwencji, stanowisko prezydenta objął przewodniczący parlamentu Henri Konan Bédié. Przez sześć lat urzędowania Duncan prowadził politykę stabilizacji gospodarczej po kryzysie końca lat 80., a w 1994 nadzorował proces dewaluacji franka CFA.