W 1908 roku stan jego zdrowia poprawił się na tyle, iż mógł rozpocząć naukę w gimnazjum, gdzie uczył się trzy lata, po czym postanowił całkowicie poświęcić się muzyce.

W 1915 roku zdał egzamin na uczelnię muzyczną Utrechtse Toonkunst Muziekschool w Utrechcie. Studiował tam kompozycję pod kierunkiem Johana Wagenaara i fortepian u Heleny van Lunteren-Hansen. W 1917 zaczął pisać artykuły do „Utrechts Dagblad”. Ich częstym tematem było życie muzyczne w Utrechcie. W 1918 miało miejsce prawykonanie I symfonii Pijpera pod batutą Willema Mengelberga, które przyniosło jej twórcy ogólnonarodową sławę.

Pijper w bardzo krótkim czasie rozwinął się jako muzyk, o czym świadczą znaczące różnice stylistyczne między jego I a II symfonią. W ciągu kilku lat (1918–1922) stał się jednym z najbardziej wyrafinowanych kompozytorów europejskich. Od około 1919 roku Pijper zaczął być określany jako atonalista. W rzeczywistości nie zrezygnował świadomie z tonalności;