Zbiory jego esejów zostały opublikowane przez amsterdamskie wydawnictwo Querido pod tytułami „De Quintencirckel” i „De Stemvork”.
14 maja 1940 roku podczas masowego bombardowania Rotterdamu przez lotnictwo niemieckie dom Pijpera został całkowicie zniszczony, ale przetrwały jego rękopisy, zdeponowane przez niego kilka miesięcy wcześniej w bezpiecznym miejscu.
Lata wojny Pijper spędził pracując nad operą Merlijn do libretta Simona Vestdijka, opartą na legendach arturiańskich. Dzieła tego nie dane było mu jednak dokończyć. Pod koniec 1946 roku zdiagnozowano u niego raka, ale na leczenie było już za późno. Ostatnim dziełem, nad którym Pijper pracował, był koncert na wiolonczelę i orkiestrę, ukończony 3 lutego 1947 roku.
Willem Pijper zmarł 18 marca 1947. Dzięki niemu muzyka holenderska zajęła eksponowane miejsce w XX-wiecznej muzyce europejskiej. W 2011 roku Holenderskie Królewskie Towarzystwo Historyczno-Muzyczne (Koninklijke Vereniging voor Nederlandse Muziekgeschiedenis) wydało pisma zebrane Pijpera, zatytułowane „Het Papieren Gevaar”.