W 1454 po wybuchu wojny trzynastoletniej toczonej pomiędzy państwem zakonu krzyżackiego a Koroną Królestwa Polskiego miejscowość dostała się w granice Korony. W 1466 na mocy traktatu toruńskiego podpisanego po zakończonej wojnie trzynastoletniej miejscowość została włączona do Korony i leżała w powiecie chełmińskim województwa chełmińskiego.
Od XVI do XIX wieku Od XVI do XIX wieku Skłudzewo, w całości lub części, zmieniało często właścicieli. W 1515 Andrzej Dorpusch spłacił 212 grzywien długu za Skłudzewo. W 1523 Bartłomiej Przylubski odstąpił połowę swojej części we wsi Michałowi Kranichowi vel Postnik, który sprzedał ją Andrzejowi Dorpowskiemu. W 1558 mieszczanie toruńscy Ambartowscy oraz niejaki Zacharias sprzedali część wsi Jerzemu Głuchowskiemu, który odprzedał ją Łukaszowi Dorpowskiemu. W 1570 właścicielem miejscowości był Jan Dorpowski. Wieś liczyła 10 łanów chłopskich, gospodarowało w niej 4 zagrodników, był kowal, garncarz, strycharz, stała karczma oraz wiatrak.