Jan (Maksymowicz) wielokrotnie jeździł do Moskwy i utrzymywał kontakty z patriarchą moskiewskim i całej Rusi Joachimem.
Biskup czernihowski W 1695, z inicjatywy biskupa czernihowskiego Teodozjusza został przełożonym Jeleckiego Monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Czernihowie. Rok później, po śmierci Teodozjusza, dzięki poparciu Iwana Mazepy został jego następcą na katedrze czernihowskiej. Jego chirotonia miała miejsce 10 stycznia 1697 w Moskwie, z udziałem patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Adriana jako głównego konsekratora. Jan (Maksymowicz) otrzymał natychmiast godność arcybiskupa. Poparcie Mazepy i jego bogate dary dla eparchii czernihowskiej pozwoliły na rozbudowę monasteru Świętych Borysa i Gleba w Czernihowie i monasteru w Wołdinie.
W Czernihowie arcybiskup Jan założył kolegium (szkołę słowiańsko-łacińską), która w jego zamierzeniach miała przygotowywać kandydatów na studia w Akademii Kijowsko-Mohylańskiej. Do szkoły przyjmowani byli synowie kapłanów, jak również chłopcy z rodzin kozackich, mieszczańskich i szlacheckich. Kolegium znane było nieoficjalnie pod nazwą Collegium Maximovitianum, szkoła stała się wzorem dla kolejnych placówek tego typu, jakie powstawały w eparchiach na ziemiach rosyjskich i ukraińskich. Równocześnie z kolegium biskup Jan założył drukarnię w monasterze Trójcy Świętej i św.