W czasie kilkumiesięcznej podróży do Tobolska, Jan napisał wierszem sylabicznym dziennik Putnik.
Sytuacja eparchii tobolskiej w momencie przyjazdu nowego biskupa była trudna. Mimo wysiłków misjonarskich jego poprzednika, w dalszym ciągu większość rdzennej ludności Syberii wyznawała różne kulty pogańskie, w regionie obecni byli staroobrzędowcy, szereg parafii pozostawało nieobsadzonych. Metropolita Jan kontynuował prace swojego poprzednika, wiele uwagi poświęcając założonej przez niego szkole teologicznej. Wzniósł również w Tobolsku nową rezydencję metropolitalną i szereg murowanych świątyń. Urząd metropolity sprawował do śmierci w 1715. Został pochowany w soborze Mądrości Bożej i Zaśnięcia Matki Bożej w Tobolsku.
Kult Nieformalny kult mały|200px|Nagrobek metropolity w soborze Zaśnięcia Matki Bożej i Mądrości Bożej w Tobolsku, fotografia sprzed 1916 Kult Jana pojawił się natychmiast po jego śmierci. Od 1798 w soborze w Tobolsku prowadzona była księga z opisami cudów, do których miało dojść przy nagrobku metropolity. W 1844 kupiec Miasnikow sfinansował wzniesienie nowego nagrobka w formie kolumny z mitrą, omoforionem i krzyżem oraz marmurowej tablicy, na której przedstawiono postać Jana.