stwierdzono, że w okresie od września 1945 do dnia 14 sierpnia 1947 r. jako dyrektor naczelny Państwowej Wytwórni Prochów w Łęgnowie pow. Bydgoszcz dopuścił się aktów sabotażu utrudniając i uniemożliwiając prawidłowe działanie tejże fabryki. Po aresztowaniu Smoliński został przekazany do dyspozycji Komisji Specjalnej do Walki z Nadużyciami i Szkodnictwem Gospodarczym, a potem – decyzją prokuratora – Urzędowi Bezpieczeństwa. W czasie śledztwa początkowo przebywał w areszcie Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Bydgoszczy, potem kolejno przerzucano go do więzień w Koronowie, w Bydgoszczy przy Wałach Jagiellońskich, a nawet przez kilka miesięcy na Rakowiecką w Warszawie.
thumb|240px|Grób Eugeniusza Smolińskiego ps. „Kazimierz Staniszewski” w Panteonie – Mauzoleum Wyklętych-Niezłomnych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie Po trwającym ponad rok śledztwie Smoliński wraz z grupą najbliższych pracowników stanął przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Bydgoszczy. W sfingowanym procesie pokazowym został 13 października 1948 r. skazany na karę śmierci. Prezes Najwyższego Sądu Wojskowego dr Władysław Garnowski uznał, że na łaskę nie zasługuje. Z prośbą o ułaskawienie wystąpiła najbliższa rodzina skazanego: żona Pelagia i ojciec Julian Smoliński oraz prof.