Po upadku powstania nie zaniechał konspiracyjnej działalności. Na Pradze utworzył komórkę łączności Wileńskiego Okręgu AK i – od września 1944 do kwietnia 1945 r. – utrzymywał łączność kurierską z Komendą Okręgu w Wilnie. Od czerwca 1945 r. pełnił obowiązki szefa Oddziału V Komendy Okręgu AK OW. Później działał w ramach Ośrodka Mobilizacyjnego Wileńskiego Okręgu AK, utworzonego w 1945 r. przez podpułkownika Antoniego Olechnowicza „Pohoreckiego”. Był jego głównym łącznikiem na terenie Polski centralnej, a także kurierem komendanta Wileńskiego Okręgu AK ze Sztabem Naczelnego Wodza. Kilkakrotnie wyjeżdżał do Niemiec, Francji i Włoch, przewożąc informacje z kraju i przywożąc fundusze oraz rozkazy dotyczące dalszej działalności niepodległościowej. Jako członek sztabu OMWO AK, zorganizował w latach 1947–1948 jego siatkę wywiadowczą, działającą – pod kryptonimem „Krzysztof” – na rzecz Rządu Rzeczypospolitej Polskiej na uchodźstwie. thumb|Protokół wykonania kary śmierci na Edmundzie Bukowskim 28 czerwca 1948 r. został aresztowany podczas ogólnopolskiej, szeroko zakrojonej akcji Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego o kryptonimie „Akcja X”, która miała na celu rozbicie siatki Wileńskiego Okręgu AK. Mimo tortur w czasie przesłuchań zachował dzielną postawę.