W trakcie rozprawy sądowej powiedział: „Jeśli chodzi o pobudki mego działania, to kierowała mną przysięga złożona AK”, pisał wtedy m.in. „Pracę w AK uważałem i traktowałem jedynie jako mój obowiązek wobec Polski”. Wyrokiem R.Warszawa Sr.1613 Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie pod przewodnictwem kpt. Władysława Litmanowicza z 14 listopada 1949 r. został na podst. art.7 Dekr. z 13.6.1946 skazany na karę śmierci„Księga najwyższego wymiaru kary” w . Wyrok podtrzymał 31 marca 1950 r. Najwyższy Sąd Wojskowy, a prezydent Bierut nie skorzystał z prawa łaski.
Został stracony 14 kwietnia 1950 r. w więzieniu mokotowskim przy ul. Rakowieckiej 37 w Warszawie. Jego zwłoki zostały przez organa bezpieczeństwa publicznego potajemnie pogrzebane na tzw. „Łączce” na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach. Jest jedną z trzech pierwszych zidentyfikowanych przez Polskiej Bazy Genetycznej Ofiar Totalitaryzmów ofiar UB (obok Stanisława Łukasika i Eugeniusza Smolińskiego). thumb|240px|Grób por. Edmunda Bukowskiego ps. „Edmund” w Panteonie – Mauzoleum Wyklętych-Niezłomnych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie. Odznaczenia Był wielokrotnie odznaczony, m.in.